A AT compreende 3 Direcções Gerais e 3 Gabinetes, designadamente:

• Direcção Geral das Alfândegas;

• Direcção Geral dos Impostos;

• Direcção Geral dos Serviçõs Comuns;

• Gabinete de planeamento, Estudos e Cooperação Internacional;

• Gabinete de Controlo Interno; e

• Gabinete de Comunicação e Imagem.