No caso de um comerciante discordar com alguma decisão de um agente das Alfandegas, ou sentir que foi tratado de forma que viole os seus direitos, sempre tem a opção de recurso.
O recurso hierárquico permite o recurso a níveis cada vez superiores dentro da instituição. Neste caso, o comerciante (ou seu representante) deve em primeiro lugar reclamar directamente com o agente que tomou a decisão ou cometeu o acto, solicitando explicação e/ou correção da decisão. Caso não obter a resposta que desejar, deve, dentro de 60 dias, apresentar uma reclamação por escrita ou verbalmente, ao superior do agente em questão, (por exemplo, ao chefe da estancia aduaneira). Caso o requerente não se conformar com a decisão obtida, pode recorrer cada vez a um nível superior, dentro de 90 dias, ao Director dos Serviços Provinciais das Alfândegas, ao Director Regional, ao Director Geral, ao Presidente da Autoridade Tributária até ao Ministro da Economia e Finanças. Não aceitando a resposta recebido após o recurso hierárquico o comerciante pode recorrer ao Tribunal Administrativo, num recurso contencioso.
Nota que de acordo com a constituição da República de Moçambique o comerciante tem, como alternativa ao recurso hierárquico, o direito de recorrer directamente ao Tribunal Administrativo, na defesa dos seus interesses.